אלגוריתם של Microsoft Excel ישמש ככלי לחיזוי פרוגנוזה של סרטן השד
באדיבות אמיר לזימי מנהל המיזם
—
עודכן לאחרונה
19/09/2010 11:41
תוך שימוש בתוכניות מחשב מוכנות, חוקרים פיתחו מערכת לזיהוי גנים שישמשו בסיווג סרטן השד. האלגוריתם, המתואר ב- Journal of Experimental & Clinical Cancer Research של Biomed Central, יאפשר לחוקרים לייצר חתימות גנים בעלות ערך ללא תוכנה ייעודית או הדרכה רחבה בביו-אינפורמטיקה.
רוברט האלט, סטודנט לתואר שני העובד תחת ניהולו של ד"ר ג'ון האסל וחברים אחרים בצוות המחקר שלו מאוניברסיטת מקמסטר באונטריו, קנדה, פיתח את האלגוריתם והשתמש בו לזיהוי חתימה בת 20 גנים אשר פעלו היטב על סדרות נתונים של 151 מטופלים. האלט אומר: "עד כה, הקמת חתימה כזאת דורשת את השימוש באלגוריתמים שונים, אשר דורשים תוכנה ייעודית והדרכה רחבה בביו-אינפורמטיקה. חשוב לציין שאנחנו סיימנו את כל השלבים של האלגוריתם שלנו תוך שימוש ב- Microsoft Excel 2007. תוכנה זה שימושית בקנה מידה רחב מאוד לקהיליית המחקר הביולוגי, כך שיישום הטכניקה הזו לא ייתקל במחסור בתוכנה מסוימת או הדרכה".
החוקרים השתמשו בנתונים מתוך קבוצה של 144 מטופלים על מנת להדריך את האלגוריתם לזהות גנים אשר רמות ההתבטאות שלהם מתאימות להישרדות של המטופל. הגנים ב- 10 המקומות הראשונים בחיזוי פרוגנוזה לא טובה וה- 10 במקומות הראשונים בחיזוי פרוגנוזה טובה יצרו מנבא המבוסס על התבטאות של 20 גנים, הפועל כמו 2 מודלים אחרים בקבוצת ההערכה. לפי האסל "האלגוריתם שלנו מייצר מודלים של חיזוי עם דיוק דומה לטכניקות אחרות, ויש לו נגישות ושימושיות גבוהים יותר עבור החוקרים. התחלנו להשתמש באלגוריתם שלנו ליצירת מודלי חיזוי של רגישות תאים למחלת סרטן השד עבור טיפולים נפוצים נגד הסרטן".
