לרוב, הטיפול יחל מספר שבועות לאחר האבחון, כדי לאפשר לחולה לבחון את אופציית הטיפול המועדפת ולקבל חוות דעת שנייה.
בחירת הטיפול הנכון מושפעת מ:

•  סוג הסרטן
•  גודל הגידול
•  גיל
•  האם הסרטן התפשט

רוב החולים יקבלו יותר מסוג אחד של טיפול. לדוגמא, הטיפול הסטנדרטי לחולים בסרטן פאפילארי כולל ניתוח, טיפול הורמונאלי וטיפול בעזרת יוד 131. ניתוח והקרנות הם טיפולים מקומיים. שאר סוגי הטיפול הם טיפולים מערכתיים, אשר נכנסים לזרם הדם והורסים את כל התאים הסרטניים בגוף.
מכיוון שטיפול בסרטן פוגע לרוב גם בתאים בריאים, ניתן לצפות להופעת תופעות לוואי כתוצאה מהטיפולים. תופעות הלוואי תלויות בעיקר בסוג הטיפול ובעוצמתו. לכל אדם יהיו תופעות לוואי שונות, והן יכולות להשתנות בין טיפול לטיפול. בכל שלב בטיפול, ניתן לשפר ולהוריד את תופעות הלוואי, כדי לעזור בשיכוך הכאב ובסימפטומים אחרים.

ניתוח
רוב החולים בסרטן בבלוטת התריס יעברו ניתוח. המנתח יוריד חלק מהבלוטה או את כולה. סוג הניתוח תלוי בסוג הסרטן ובשלב בו נמצא הגידול הסרטני, בגודל הגידול ובגילו של החולה.

• הסרת הבלוטה (thyroidectomy): ניתוח זה יכול לשמש לכל סוגי הסרטן. המנתח יסיר את כל הבלוטה בעזרת חתך בצוואר. במידה והמנתח לא הצליח להסיר את כולה, הבלוטה תיהרס בטיפול מאוחר יותר בעזרת יוד רדיואקטיבי. לרוב, יסיר המנתח גם בלוטות לימפה קרובות וזאת כדי לצמצם אפשרויות של חזרה של הסרטן. אם הסרטן התפשט לרקמות קרובות, גם הן יוסרו בניתוח. במידה והגידול הסרטני התפשט לרקמות מחוץ לצוואר. ניתוח, יוד 131 והקרנות הם הטיפולים לגידולים אלו.

• הסרת חלק מהבלוטה (lobectomy): לרוב זהו טיפול לחולים בסרטן פוליקולארי או פאפילארי. המנתח יסיר רק אונה אחת של הבלוטה ואת הרקמה שמפרידה בין האונות. זמן ההחלמה מהניתוח משתנה מאדם לאדם. לרוב תיהיה לך הרגשת אי-נעימות באזור למשך מספר ימים.

ניתוח הסרת הבלוטה מסיר את התאים המייצרים הורמונים. ולכן לאחר הניתוח, כמעט וכל האנשים יהיו זקוקים לכדורים שיחליפו את הורמוני הבלוטה למשך כל החיים. במידה והמנתח הסיר גם את הבלוטות הפאראתירואידיות, יש ליטול ויטמין D וסידן למשך כל החיים. אצל חלק מהאנשים, הניתוח עלול להזיק לעצבים ולשרירים סמוכים. במידה והם ניזוקו, יכולות להופיע בעיות בקול או שכתף אחת תהיה נמוכה מהשנייה.

טיפול בעזרת הורמונים

• לאחר הניתוח, כמעט וכל האנשים יזדקקו לכדורים שיחליפו את הורמוני הבלוטה. אך הכדורים הללו משמשים גם חלק מהטיפול לסרטן פאפילארי ופוליקולארי. הורמון הבלוטה מאט את התפתחות התאים הסרטניים שנותרו בגוף לאחר הניתוח. הכדורים הללו כמעט ולא גורמים לתופעות לוואי. הרופא יבצע בדיקות דם כדי לקבוע את המינון הנכון של הכדורים. מינון גבוה עלול לגרום להורדה במשקל ולהרגשת גלי חום והזעה. כמו כן קצב הלב יעלה, יופיעו כאבים בחזה, התכווצויות ושלשולים. מינון נמוך עלול לגרום לעלייה במשקל, הרגשת קור ועייפות ויובש בעור ובשיער.
  

טיפול בעזרת יוד רדיואקטיבי

• טיפול זה נפוץ בעיקר לסרטן פאפילארי ופוליקולארי. הוא הורג את התאים הסרטניים והנורמאליים של הבלוטה שנותרו לאחר ניתוח. אנשים החולים בסרטן מדולארי או אנא פלאסטי לא מקבלים טיפול כזה משום שהוא לא מגיב ליוד 131. גם אנשים אלרגיים ליוד יכולים לקבל את הטיפול בבטחה. הטיפול ניתן כנוזל או קפסולה שבולעים. היוד מגיע לזרם הדם  ונספג ע"י תאי הבלוטה בגוף. כשהתאים הסרטניים סופגים מספיק יוד 131 הם מתים. רוב החולים מקבלים את הטיפול במרפאה של קופת החולים או באשפוז יום ואינם זקוקים לאשפוז לאחר הטיפול. יש להתייעץ עם הצוות הרפואי בנוגע לדרכים בהם ניתן להגן על קרובי משפחה ואנשים קרובים מחשיפה לקרינה הרדיואקטיבית. רוב הקרינה נעלמת לאחר שבוע. לאחר שלושה שבועות, נותרים רק שרידים של יוד 131 בגוף. במהלך הטיפול, יש להגן על שלפוחית השתן ורקמות בריאות אחרות בגוף מהקרינה ע"י שתייה מרובה של נוזלים. כך נפטרים מעודפים של יוד 131 מהר יותר.

חלק מהאנשים חשים טשטוש קל במהלך הטיפול. כמו כן ייתכנו נפיחויות וכאבים בצוואר, היכן שנותרו תאי בלוטת תריס. אם הסרטן התפשט בגוף, ייתכנו כאבים גם באיברים הנגועים. תופעת לוואי נוספת היא יובש בפה ואיבוד הטעם לזמן קצר לאחר הטיפול. ניתן ללעוס מסטיק ללא סוכר כדי להקל על היובש. תופעת לוואי נדירה אצל גברים המקבלים יוד 131 היא עקרות. אצל נשים, הרופאים ממליצים לא להרות בשנה שאחרי טיפול ביוד 131.

הקרנות

• טיפול בהקרנות (הקרוי גם רדיותרפיה) מתאים לכל סוגי סרטן בלוטת התריס שלא מגיב ליוד 131 ולא ניתן להסירו בניתוח. הוא יעיל גם לסרטן שחזר לאחר שנים ולסרטן שהתפשט לעצמות. בטיפול זה משתמשים בקרניים עתירות אנרגיה די להרוג תאים סרטניים. לרוב טיפול כזה אורך מספר דקות (חמישה ימים בשבוע למשך מספר שבועות).

תופעות הלוואי תלויות בעיקר בכמות הקרינה הניתנת ובאיבר המטופל. הקרנות לצוואר עלולות לגרום ליובש וכאבים בפה ובגרון, צרידות וקשיי בליעה. העור באזור המטופל עלול להיות אדום, יבש ורגיש. טיפול ממושך גורם לרוב לעייפות. המנוחה חשובה מאוד אך רופאים ממליצים לרוב על פעילות גופנית במהלך הטיפול. הרופאים יכולים להקל מאוד על תופעות הלוואי. אלו ייעלמו לרוב לאחר שהטיפול הסתיים.

כימותרפיה

• אופייני להשתמש בטיפול כימותרפי לסרטן אנא פלאסטי. לעיתים משתמשים בכימותרפיה להקל על הסימפטומים של סרטן מדולארי וסרטני בלוטת התריס אחרים. בטיפול זה משתמשים בתרופות כדי להרוג תאים סרטניים. התרופות ניתנות לרוב עירוי לווריד. הן נכנסות לזרם הדם ויכולות להרוג את כל התאים הסרטניים בגוף.