מאחר וטיפולים נגד סרטן עלולים להזיק לתאים ורקמות בריאות, ייתכנו תופעות לוואי בלתי רצויות. תופעות הלוואי תלויות בהרבה גורמים, כולל סוג ומשך הטיפול. תופעות הלוואי אינן משפיעות באופן זהה על כל חולה, והן עשויות להיות שונות בין טיפול למשנהו. הצוות הרפואי יסביר את תופעות הלוואי האפשריות של הטיפול וכיצד הם יסייעו לחולה להתמודד איתן. 

לוקח זמן להתרפא אחרי ניתוח, והזמן הדרוש להתאוששות שונה מחולה לחולה. בדרך כלל החולים חשים שלא בטוב בימים הראשונים, ותרופות בדרך כלל מסייעות בשיכוך הכאבים. אסור לחולים לחשוש מלדבר עם הצוות הרפואי על תרופות לשיכוך כאבים. בדרך כלל החולים גם חשים עייפות או חולשה לאחר ניתוח. חלק מן החולים יסבלו משלשולים ותחושה של בטן מלאה. הצוות הרפואי יוודא שהחולה לא סובל מדימומים, זיהום, כשל בתפקוד הכבד או בעיות אחרות הדורשות טיפול מיידי. 

בעקבות השתלת כבד, החולה עלול להידרש להישאר בבית החולים למשך מספר שבועות. במשך זמן זה, הצוות הרפואי יבדוק סימנים לכך שהכבד נקלט. החולה יקבל תרופות מונעות דחייה של הכבד החדש על ידי הגוף. תרופות אלה יכולות לגרום לנפיחות בפנים, לחץ דם גבוה או שעירות יתר בגוף. 

בשל העובדה שעבור ניתוח בהקפאה נדרש חתך קטן יותר מאשר עבור ניתוח רגיל, ההתאוששות לאחר ניתוח בהקפאה היא בדרך כלל מהירה יותר ופחות כואבת. כמו כן, זיהומים ודימומים הם פחות שכיחים. 

כימואמבוליזציה ואינפוזיה עורקית כבדית גורמות פחות תופעות לוואי מאשר כימותרפיה מערכתית (systemic), מאחר והתרופות אינן זורמות דרך הגוף כולו. כימואמבוליזציה גורמת לפעמים לבחילה, הקאות, חום וכאבי בטן. הרופא יכול לתת תרופות על מנת להפחית תופעות אלה. חלק מן החולים עלולים להרגיש עייפות רבה במשך מספר שבועות לאחר הטיפול.

תופעות לוואי של אינפוזיה עורקית כבדית כוללות זיהום ובעיות במשאבה. לעיתים יש להסיר את המכשיר.

תופעות הלוואי של כימותרפיה תלויות בעיקר בתרופות ובמינון שהחולה מקבל. כמו בסוגי טיפול אחרים, תופעות הלוואי משתנות מחולה לחולה.

כימותרפיה מערכתית משפיעה על תאים המתרבים במהירות בכל הגוף, כולל תאי דם. תאי הדם נלחמים בזיהומים, מסייעים לדם להקריש, ונושאים חמצן לכל חלקי הגוף. כאשר תרופות נגד סרטן מזיקות לתאי הדם, חולים נוטים לקבל זיהומים, עלולים לדמם בקלות, וכמו כן עלולים להרגיש חסרי אנרגיה. תאים בשרשי השיער ובצינורות מערכת העיכול גם הם תאים שמתחלקים מהר. כתוצאה מכך, חולים עלולים לאבד שיער וכן עלולים לסבול מתופעות אחרות כגון אבדן תיאבון, בחילות והקאות, או פצעים בחלל הפה. בדרך כלל, תופעות לוואי אלו חולפות בהדרגה במהלך תקופות ההתאוששות שבין הטיפולים או לאחר סיום הטיפולים. הצוות הרפואי יכול להציע דרכים להקלה על תופעות הלוואי. 

תופעות הלוואי של הקרנות תלויות בעיקר במינון והאזור המטופל בגוף. חולים נוטים להיות מאוד עייפים במהלך הטיפול, במיוחד בשבועות האחרונים של הטיפול. מנוחה היא חשובה, אך רופאים ממליצים בדרך כלל לחולים להישאר פעילים ככל שהם יכולים. 

הקרנות לחזה והבטן עלולות לגרום לבחילה, הקאות, שלשולים או חוסר נוחות במתן שתן. הקרנות יכולות לגרום גם לירידה במספר הכדוריות הלבנות הבריאות, המסייעות להגן על לגוף מפני זיהומים. למרות שתופעות הלוואי של הקרנות יכולות להיות מטרידות, הרופא יכול בדרך כלל לטפל או לשלוט בהן.  

באדיבות National Cancer Institute