תרופות נגד סרטן המוכנסות לשלפוחית, גורמות לגירוי, וכן לאי-נעימות או דימום הנמשכים מספר ימים לאחר הטיפול. חלק מן התרופות יכולות לגרום לפריחה כשהן באות במגע עם העור או איברי המין.  

כימותרפיה מערכתית משפיעה במהירות על התחלקות תאים בכל רחבי הגוף, כולל תאי הדם. תאי דם לוחמים בדלקות, מסייעים לקרישת הדם, ונושאים חמצן לכל חלקי הגוף. כאשר תרופות אנטי-סרטניות גורמות נזק לתאי הדם, החולים מועדים לדלקות, עלולים לדמם בקלות וכן ייתכן שתהיה להם פחות אנרגיה. תאים בשורשי השיער ותאים לאורך מערכת העיכול גם הם מתחלקים במהירות. כתוצאה מכך, חולים עשויים לאבד שיער ולסבול מתופעות לוואי נוספות כגון אובדן התיאבון, בחילות והקאות, או פצעים בפה. בדרך כלל, תופעות אלה חולפות בהדרגה במהלך תקופות ההחלמה שבין הטיפולים או לאחר סיומם.  

תרופות מסוימות הנמצאות בשימוש לטיפול בסרטן השלפוחית עלולות לגרום לנזקים לכליות. על מנת להגן על הכליות, על החולים לצרוך הרבה נוזלים. האחות יכולה לתת לחולים עירוי לפני ואחרי הטיפול. כמו כן, על החולים לשתות הרבה במהלך הטיפולים.

חלק מהתרופות האנטי-סרטניות יכולות גם לגרום לעקצוצים באצבעות, צפצופים באוזניים או אבדן שמיעה. תופעות אלה עשויות לחלוף בתום הטיפול.