תופעות הלוואי משתנות מאדם לאדם, והן עשויות להשתנות מסבב טיפול אחד למשנהו. רופאים ואחיות יכולים להסביר את תופעות הלוואי האפשריות וכיצד ניתן להקל עליהן. תופעות לוואי לטיפולי ההקרנות, תופעות לוואי לטיפולי הכימותרפיה .

מספר ימים לאחר TUR, חולים יכולים לסבול מדם בשתן וקושי או כאב בעת השתנה. מלבד זאת, TUR גורם מעט בעיות.

לאחר כריתת השלפוחית, רוב החולים סובלים אי נוחות במשך מספר ימים. ניתן לסייע להפגת הכאבים באמצעות תרופה, הניתנת על ידי רופא או אחות. כמו כן, בדרך כלל מרגישים עייפות או חולשה. משך ההחלמה משתנה מאדם לאדם.

לאחר כריתה חלקית, חולים עשויים להחזיק פחות שתן בשלפוחית מאשר לפני כן, והם עשויים לרצות להשתין בתכיפות רבה. לרוב זוהי תופעה חולפת, אך חלק מהחולים עשויים לחוות שינויים ארוכי טווח בכמות השתן שהם יכולים להחזיק.  

אם המנתח כורת את השלפוחית, החולה זקוק לדרך חדשה לאחסן ולהעביר שתן. בשיטה נפוצה אחת, המנתח משתמש בחלק מן המעי הדק ליצירת צינור חלול דרכו יכול השתן לעבור. המנתח מחבר קצה אחד של הצינור למוביל השתן ואת הקצה השני לפתח חדש בדופן הבטן. פתח זה נקרא סטומה (stoma). שקית שטוחה מתאימה מעל הפתח לאיסוף שתן, ודבק מיוחד מחזיק אותה במקום. ניתוח זה ליצירת סטומה נקרא urostomy או ostomy. בסעיף "שיקום לאחר סרטן השלפוחית" יש מידע נוסף אודות הטיפול בסטומה.

לחולים מסוימים, הרופא יכול להשתמש בחלק מן המעי הדק ליצירת כיס אחסון (הנקרא continent reservoir) בתוך הגוף. השתן נאסף בכיס במקום בשקית. המנתח מחבר את הכיס לשופכה או לסטומה. במידה והחיבור נעשה לסטומה, החולה משתמש בקטטר לנקז את השתן.

ניתוח נגד סרטן השלפוחית עלול להשפיע על התפקוד המיני. מכיוון שהמנתח מסיר את הרחם והשחלות בניתוח כריתה, נשים אינן יכולות להיכנס להריון. כמו כן, גיל המעבר מופיע מיידית. גלי חום ותופעות אחרות הקשורות לגיל המעבר בעקבות ניתוח עלולות להיות חמורות יותר מאלו הנגרמות מתופעות גיל מעבר טבעי. נשים רבות נוטלות טיפול הורמונאלי חלופי (HRT) להקלה על תופעות לוואי אלו. אם חלק מן הואגינה מוסר במהלך כריתת השלפוחית, יתכן וקשה לקיים יחסי מין. 

בעבר, כמעט כל הגברים והנשים היו אימפוטנטים לאחר כריתה מלאה של השלפוחית, אך שיפורים בניתוח מאפשרים כיום לחלק מן הגברים להימנע מבעיה זאת. גברים העוברים כריתה של בלוטת הערמונית וצינור הזרע יפסיקו לייצר זרע, והאורגזמות שלהם יהיו יבשות. גברים הרוצים להיות אבות יכולים לשקול שימוש בבנק זרע או בשאיבת זרע (לאחר ניתוח).  

טבעי שחולה יהיה מודאג לגבי תופעות הלוואי המיניות. ניתן לשוחח עם הרופא על תופעות הלוואי והמשכן הצפוי. ניתן להקל על המצב אם חולים ובני הזוג שלהם ידונו ברגשות שלהם ויסייעו אחד לשני למצוא דרכים לאינטימיות במשך הטיפול ואחריו